Kahe mootoriga hübriididel on mitmeid puudusi, mis võivad olla problemaatilised. Hübriidautod on üsna uus tehnoloogia, mida kiidetakse madalate heitmete, parema kütusetõhususe ja väikese, tõhusa disaini eest. Hübriidsõiduki ostmine on aga märkimisväärne investeering ning oluline on mõista hübriidsõiduki omamisega seotud võimalikke probleeme ja puudusi. Võimalikke probleeme hübriididega on üksikasjalikult kirjeldatud allpool.
Kompleksne ehitus
Igal hübriidsõidukil on kaks mootorit - elektriline ja gaasiline. Madalatel kiirustel aitab elektrimootor autol vähem energiat kasutada ja vähem heitgaase kui tavaline gaasimootor. Ja suurel kiirusel annab hübriidi gaasimootor rohkem jõudu ja kiirendust.
Mõlema mootori olemasolu kahekordistab remonti vajava tõenäosuse ning nende disaini keerukus muudab tavapärase hoolduse ebamugavamaks ja kallimaks. Enamikul teeninduskeskustest puudub lihtsalt hübriididega töötamiseks ja probleemi diagnoosimiseks vajalik varustus, seega peavad hübriidautode omanikud teenuse eest lisaraha välja maksma otse tootja teenistuses.
Kõrge algkulu
Hübriidautodel on kopsakas hinnasilt. Uhiuute hübriidmudelite hinnad jäävad vahemikku 21 000–104 000 dollarit. Lisaks pole kindel, et aastane kütusesääst suudab hübriidi kõrgemat esialgset ostuhinda täielikult kompenseerida.
Hübriidiga on probleeme akuga
Hübriidakut on kritiseeritud mõnede selle puuduste pärast. Hübriidakud on väga rasked, mis lisab auto kogumassile ja neid tuleb regulaarselt laadida, sagedus tõuseb kuni üks kord kahe nädala jooksul. Mõnes hübriidis kasutatakse nikkelmetallhüdriidi (NiMH) akusid, mis kasutavad väga kõrgeid pingeid ja võivad kokkupõrkel plahvatada, mis võib juht surma või tõsiselt vigastada. Mõni hübriidpatarei ei toimi madalal temperatuuril hästi.
Liiga vaikne töö
Autoomanike seas registreeriti kaebusi hübriidiga seotud probleemide kohta nagu liiga vaikne töö. Paljud tarbijad võivad seda pidada atraktiivseks eeliseks, kuid see on siiski tõsine ohutusprobleem. Nägemispuudega jalakäijatel on palju suurem oht auto löögile ning paljud neist tuginevad ainult kuulmisele ning hübriidsõiduki puhul ei pruugi nad lihtsalt seda kuulda.
Iseloomustused
Hübriidautod on endiselt üsna uus tehnoloogia ning nagu kõigi uute toodete puhul, on ka neil mõnikord tehnilisi raskusi ja tõrkeid. Alates hübriidsõidukite turule toomisest on Toyota blokeerumisvastase pidurisüsteemi probleemide tõttu sunnitud tagasi kutsuma umbes 148 000 Priuse ja Lexuse hübriidi. Ehkki Toyota on ohutusprobleemide lahendamisel kiire ja tõhus, väheneb brändi sõnul Toyota müük nende defektide tõttu pidevalt.